Планирование работ по рефакторингу?

Что ещё за бред - "...мы переходим с Agile на Scrum..."??? Scrum и есть один из фреймворков Agile т.е. его составляющая часть, каким образом вы это делаете? Я бы посоветовал сначала разобраться в методологическом вопросе.

По сути вопроса: что мешает рефакторинг протащить, как user story? Планируйте на спринт и проводите рефакторинг, либо сделайте рефакторинг отдельным этапом (если он постоянен).